Márquez foi operado à mão direita depois de uma colisão na corrida de abertura da época em Portugal no mês passado e não correu na última ronda no Texas.
A Honda disse que o hexacampeão da categoria rainha foi submetido a exames na terça-feira e a equipa médica aconselhou-o a continuar a sua recuperação e a concentrar-se num possível regresso para o GP de França, agendado para 12, 13 e 14 de maio.
"Ontem fizemos outra TAC e confirmámos que, apesar de a lesão estar a progredir favoravelmente, o osso ainda não terminou a cicatrização e correr em Jerez era arriscado", disse Marquez num comunicado da equipa.
"Juntamente com a equipa médica, decidimos não correr riscos, esperar mais duas semanas e regressar em Le Mans", prossegue a equipa.
Márquez será substituído por Iker Lecuona no GP de Espanha.