Formado no clube, onde está desde 2011/2012, Francisco Cardoso cumpriu todos os escalões de formação até chegar à equipa principal do Amarante, em 2021/2022.
Na última temporada o avançado sofreu uma rotura do ligamento cruzado anterior do joelho direito. ainda na pré-época, e acabou por fazer apenas um jogo oficial, precisamente na partida de consagração de campeão da Liga 3.
Agora, Francisco Cardoso mantém-se no único clube que representou na carreira, mas na Liga 2.
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