Pogacar, da UAE Team Emirates, tem agora 12 segundos de vantagem para David Gaudu (Groupama-FDJ) e 58 para o vencedor do Tour do ano passado, Jonas Vingegaard (Jumbo-Visma).
"Foi o meu primeiro dia realmente difícil desta época", disse o esloveno. "Quando chegámos à subida final, todos já estavam um pouco mortos".
No Col de la Couilloule, situaod a 1.678 metros de altitude, Pogacar bateu os dois rivais mais próximos, com Gaudu a terminar dois segundos atrás e Vingegaard a seis.
O Paris-Nice, apelidado de "A Corrida do Sol", termina no domingo com um percurso montanhoso de 117,5 quilómetros, que começa e termina na cidade do sul de França, na Costa Azul.
"Amanhã é outro dia difícil - penso que o mais difícil de todo o Paris-Nice, mas as subidas são melhores para mim amanhã", disse Pogacar. "Vamos defender a liderança o mais forte possível".