Várias centenas de adeptos do PSG reuniram-se em frente à sede do clube na quarta-feira à noite, onde lançaram foguetes e cantaram cânticos hostis sobre as estrelas Messi, Neymar e o médio italiano Marco Verratti.
Alguns deles, vestidos de preto, dirigiram-se depois à casa do jogador brasileiro, num subúrbio rico a oeste de Paris, onde gritaram "Neymar, desaparece".
"O Paris Saint-Germain condena com a maior veemência possível as ações inaceitáveis e insultuosas de um pequeno grupo de indivíduos", afirmou o clube em comunicado.
"Quaisquer que sejam as diferenças de opinião, nada justifica tal comportamento", acrescenta a nota.
Neymar, que tem sido atormentado por lesões no PSG e está afastado até o final da temporada, reagiu através da sua conta de Instagram: "Não deixes que as pessoas te ponham na sua tempestade. Não deixem que as pessoas vos ponham na sua tempestade, ponham-nas na vossa paz".
O clube decidiu reforçar a segurança no seu campo de treinos e à porta das casas dos jogadores visados durante os protestos, disseram duas fontes à AFP, que pediram para não serem identificadas.
Alguns dos adeptos tinham dado a entender "que queriam fazer a mesma coisa todas as noites", disse uma das fontes.
Os manifestantes saíram "calmamente, vários minutos após a sua chegada", sem quaisquer confrontos com a polícia, acrescentou a fonte.
O futuro de Messi no PSG foi posto em causa na quarta-feira, depois de ter sido suspenso por duas semanas por se ter deslocado à Arábia Saudita para cumprir uma função comercial sem autorização do clube.
O argentino de 35 anos, vencedor do Campeonato do Mundo, fica sem contrato no final da época, com uma série de clubes, incluindo o Barcelona, alegadamente interessados em contratá-lo.
Messi jogou todo o jogo na derrota do PSG em casa por 3-1 contra o Lorient, para a Ligue 1, no domingo.
Recentemente, foi visaado por uma parte dos adeptos do emblema parisiense, que o vêem como um símbolo de tudo o que o clube - propriedade da Qatar Sports Investments, uma subsidiária do fundo soberano do país do Golfo - fez de errado ao concentrar-se em contratações de superestrelas sem conseguir construir uma equipa verdadeiramente competitiva.
Messi marcou 20 golos em todas as competições esta época e é o jogador com mais assistências na Ligue 1, com 15.
No entanto, a sua forma desde que conduziu a Argentina à glória do Campeonato do Mundo no Catar tem vindo a diminuir, tal como a da maioria da equipa do PSG.
A atuação insípida do PSG contra o Lorient resultou na sexta derrota da equipa em 17 jogos na Ligue 1 em 2023. Ainda assim, o conjunto da capital francesa continua com cinco pontos de vantagem sobre o Marselha no topo da tabela, quando faltam cinco jogos para o fim do campeonato.