Keane Lewis-Potter abriu o marcador para a equipa da casa, mas o jogo virou de pernas para o ar quando o defesa do Brentford, Ben Mee, foi expulso a cerca de 20 minutos do fim, depois de ter chocado com Leon Bailey.
Alex Moreno empatou aos 77 minutos, antes de Ollie Watkins completar a reviravolta oito minutos depois.
O festejo de Watkins perante os seus antigos adeptos causou agitação no relvado, com o árbitro a distribuir cartões amarelos a Ezri Konsa e Saman Ghoddos. O médio do Villa, Boubacar Kamara, recebeu um cartão vermelho nos descontos por comportamento violento.
Emery disse que iria tomar medidas para combater a indisciplina. "Vou gerir o nosso comportamento e controlá-lo", disse Emery à BBC.
"Vou analisá-lo com os nossos jogadores, porque não foi normal. Estávamos um pouco excitados e tivemos de nos controlar. Quando se reage assim, talvez os outros jogadores e o adversário não tenham tido a atitude correcta para o jogo. Vou lidar com tudo o que fizemos de errado e com os erros que cometemos. Talvez não seja o melhor para o futebol e para nós, mas sempre nos comportámos muito bem com os árbitros, sempre respeitámos as suas decisões, o VAR e vou continuar a fazer o mesmo".