O City inicia a defesa da Liga dos Campeões contra o Estrela Vermelha, de Belgrado, no Grupo G, na terça-feira, mas poderá ficar novamente sem o trio.
"Vamos ver passo a passo", disse Guardiola aos jornalistas esta sexta-feira.
"A lesão de Jack é muscular, mas ele tem uma pancada incrível no joelho e os danos estão lá. O John está melhor, mas ainda tem problemas. (Kovacic) também tem uma lesão muscular. Não é um grande problema, mas ele também está fora", confirmou.
O regresso de Guardiola ao banco, depois de ter falhado dois jogos devido a uma cirurgia de emergência às costas, foi uma boa notícia no meio dos problemas de lesão do plantel.
"Obrigado por perguntarem, acho que cada semana será melhor", disse o espanhol.
"Foi estranho (perder os jogos), mas foi bom", acrescentou.
O defesa Kyle Walker assinou uma renovação de dois anos no seu contrato esta semana, no meio dos rumores de uma mudança para o Bayern Munique, e Guardiola elogiou o jogador de 33 anos como uma "figura realmente importante" para a equipa.
"É ótimo que ele tenha decidido ficar. A sua mente está aqui no campo, a amar o futebol", disse Guardiola.
"Poucos jogadores têm uma genética como a dele. Ele tem estabilidade na sua vida e (a sua idade) não será um problema", garantiu.
Walker ficou de fora do plantel do Manchester City para a final da Liga dos Campeões, depois de ter sido titular nos dois jogos da meia-final.
"Fiquei triste por ele não ter jogado a final da Liga dos Campeões, mas vejam como a resposta dele tem sido boa desde então", disse Guardiola.
Walker referiu que espera ser capitão e Guardiola disse que será efetuada uma votação nos próximos dias.
Embora o City seja a única equipa da Premier League com um registo 100 por cento vitorioso até ao momento, Guardiola insistiu que a época só vai começar, realmente, agora.
"Acredito que a época começa sempre agora, depois da primeira pausa internacional, da janela de transferências, do regresso das crianças à escola", afirmou.
"A verdadeira época, diria eu, começa agora para muitas competições, a Liga dos Campeões, a Taça da Liga e a Premier League, e é por isso que, sim, vamos a isso", acrescentou.
O West Ham está em quarto lugar na classificação, com 10 pontos.