O uruguaio Edinson Cavani fez o golo da suada vitória xeneize na Bombonera aos 40 minutos, logo depois da expulsão do médio Cristian Medina.
Como quarto classificado do Grupo B, o Boca Juniors vai encarar nas quartas de final o arquirrival River Plate, que passou em primeiro lugar no Grupo A.
Já o Godoy Cruz, apesar da derrota, apurou-se como líder do Grupo B e enfrenta na próxima fase o Vélez.
As partidas a eliminar serão disputadas em campo neutro e jogo único. Todos os duelos das quartas de final serão no dia 21 de abril, com as semis agendadas para 28 do mesmo mês e a finalíssima para cinco de maio.