A acusação está relacionada com incidentes envolvendo adeptos visitantes durante o encontro em The Valley, em janeiro, o que levou agora à abertura de um processo disciplinar formal.
A FA confirmou a ação depois de concluir uma investigação baseada nos relatórios dos árbitros e da segurança do estádio, centrando-se no comportamento dos adeptos durante a partida.
Apesar de o Chelsea ter garantido uma vitória expressiva por 1-5 dentro de campo, o resultado acabou por ser ofuscado por problemas fora das quatro linhas.
De acordo com o organismo regulador, o clube não assegurou o controlo adequado dos seus adeptos na deslocação ao terreno do Chelsea, especialmente durante a segunda parte do encontro, altura em que foram levantadas preocupações quanto ao comportamento do público.
"O Chelsea FC foi acusado de má conduta relativamente ao seu jogo da Taça de Inglaterra frente ao Charlton Athletic FC no sábado, 10 de janeiro. Alega-se que, por volta do minuto 56 da partida, o clube não garantiu que os espetadores e/ou os seus adeptos (ou qualquer pessoa que se fizesse passar por tal) não tivessem um comportamento impróprio, ofensivo, abusivo ou insultuoso, com referência expressa ou implícita à religião ou crença", lê-se no comunicado da FA.
O Chelsea chegou à final, mas acabou por sofrer uma derrota por 0-1 diante do Manchester City, em Wembley.