Lowry, vencedor do British Open em 2019, fez nove birdies e lidera sobre o chinês Li Haotong e o dinamarquês Jacob Skov Olesen por três pancadas após as suas duas primeiras rondas no resort Doonbeg de Donald Trump, no Condado de Clare.
O único deslize do irlandês foi um bogey no buraco 13, de par quatro, mas recuperou com um birdie no 15.º e passou para 11 abaixo do par.
"Foi muito divertido lá fora", disse Lowry, que vibrou com o forte apoio dos adeptos locais.
"Comecei bem e depois continuei sempre. Senti-me ótimo no campo. Mantive o pé no acelerador, tentei continuar a fazer bons shots e a embocar putts, e foi um dia muito positivo", afirmou.
Acrescentou ainda: "As bancadas estavam incríveis hoje. Apoiaram-me ao longo do percurso e foi bom dar-lhes motivos para festejar."
O seis vezes vencedor de majors, McIlroy, teve dificuldades em ganhar ritmo numa segunda volta consecutiva de 69 pancadas, apesar de um brilhante eagle no oitavo buraco, e fez três putts no último buraco a curta distância, ficando a nove pancadas de Lowry.
O natural do Condado de Down afirmou que a principal emoção foi a frustração.
"Senti que bati suficientemente bem para fazer uma volta baixa, mas simplesmente não consegui pôr o putter a funcionar", afirmou.
"Nestes dois dias, os greens deixaram-me um pouco confuso, tenho tido dificuldades em lê-los, mas espero conseguir inverter a situação amanhã", acrescentou.
O líder da primeira jornada, Joaquin Niemann, estava com seis abaixo do par no torneio após sete buracos da sua segunda ronda, igualado com o dinamarquês Niklas Norgaard.
O Presidente dos Estados Unidos, Donald Trump, deverá marcar presença no torneio durante o fim de semana, numa visita de dois dias à Irlanda.