Verstappen tornou-se o primeiro piloto este ano a colocar na pole position um monolugar sem motor Mercedes, com o piloto da Ferrari, Lewis Hamilton, a acompanhá-lo na primeira fila do Circuito Internacional de Sepang.
O líder do campeonato, Kimi Antonelli, só conseguiu o quarto melhor tempo pela Mercedes, mas subirá ao terceiro lugar devido a uma penalização de cinco lugares na grelha aplicada ao piloto da Red Bull, Isack Hadjar.
O companheiro de equipa de Antonelli, George Russell, registou o oitavo melhor tempo na qualificação e partirá do sétimo lugar da grelha.
"É muito difícil de compreender. Fomos um pouco apanhados de surpresa na sexta-feira por alguns comportamentos do carro que não tínhamos visto durante todo o ano. Mas pode dizer-se que está muito calor e o asfalto é muito diferente do de outros circuitos", disse o chefe da Mercedes, Toto Wolff, à Sky Sports.
"Tivemos um bom desempenho na (FP3), pelo menos com o Kimi, mas depois voltámos a ter esses problemas. Temos demasiado arrasto, perdemos tempo nas retas para o Max e depois temos subviragem nas curvas lentas, algo que não tínhamos visto durante todo o ano."
A sessão foi um duro golpe para Antonelli e Russell, que é segundo no campeonato e atravessava um momento de confiança depois de ter reduzido para 66 pontos a vantagem do seu companheiro de equipa no Azerbaijão, no último fim de semana.
Antonelli parecia ter encontrado o seu ritmo quando foi o mais rápido na última sessão de treinos de sábado, mas não conseguiu extrair mais nada do carro na Q3.
"No geral, temos de estar satisfeitos, porque poderia ter sido muito pior. Vamos concentrar-nos no dia de amanhã", disse Antonelli, que lidera o campeonato com 302 pontos, enquanto Russell é segundo, a 66 pontos.
A esperança mantém-se para Russell
Russell disse que não tinham conseguido melhorar desde a primeira sessão de treinos e que a degradação dos pneus estava a prejudicar mais a Mercedes do que as suas rivais.
"É um circuito muito exigente para os pneus, o asfalto está todo degradado, é extremamente irregular, está muito calor lá fora e os pneus estão a passar por um inferno. Seja qual for a razão, parece estar a afetar-nos muito mais do que aos outros", disse Russell.
Wolff continuou confiante no potencial do pacote de atualizações.
"Está a acontecer outra coisa que temos de compreender. Precisamos de analisar os dados e juntar esforços, porque continuamos a acreditar que as atualizações funcionam. Esperávamos ganhar três décimos (de segundo), mas estamos quatro ou cinco décimos mais lentos", acrescentou.