O neerlandês estabeleceu o tempo mais rápido na sessão de abertura, seguido pelo companheiro de equipa da Red Bull, o mexicano Sergio Pérez.
Depois de abandonar a última corrida na Austrália, o tricampeão mundial foi quase dois décimos de segundo mais rápido no circuito de Suzuka.
Em terceiro lugar, o espanhol Carlos Sainz (Ferrari), vencedor do último Grande Prémio depois de ter recuperado in extremis de uma operação a uma apendicite.
Seguiram-se os dois Mercedes dos britânicos George Russell e Lewis Hamilton, e o monegasco Charles Leclerc.
Fernando Alonso foi o sétimo mais rápido com o seu Aston Martin.
O treino decorreu em piso seco e foi suspenso durante dez minutos devido a um acidente com o americano Logan Sargeant, que embateu com o seu Williams numa parede de pneus.