O estreante australiano da McLaren, Oscar Piastri, qualificou-se em terceiro para a McLaren, com George Russell, da Mercedes, em quarto.
Lando Norris, da McLaren, caiu de um segundo lugar provisório, após as primeiras voltas, para um eventual quinto lugar, quando embateu numa berma no seu último esforço.
"Todo o fim de semana até agora tem sido um pouco difícil, por isso melhorámos definitivamente o carro para a qualificação", disse Verstappen, que pode terminar o ano com uma 19ª vitória em 22 corridas.
"A partir da primeira volta, tudo parecia um pouco mais unido e podíamos definitivamente forçar mais", acrescentou o neerlandês.
A Red Bull venceu 20 das 21 corridas até agora, outro recorde da F1, e Verstappen venceu em Abu Dhabi nos últimos três anos. Ambos os títulos já foram conquistados.
O piloto holandês queixou-se, nos treinos, da afinação do seu carro, dizendo que este estava a perder velocidade e a saltar.
Russell tinha sido o mais rápido em duas das sessões de treinos e Leclerc na outra, aumentando as esperanças de que Verstappen não tivesse tudo à sua maneira e levantando dúvidas mesmo dentro da Red Bull.
"Muito bem, amigo. Acabaste de me ganhar 500 euros do (consultor de desporto motorizado da Red Bull) Helmut (Marko), o que é como tirar sangue de uma pedra", disse o chefe de equipa, Christian Horner, a Verstappen, através do rádio da equipa.
"O Helmut perdeu uma aposta? Em que mundo estamos a viver?", respondeu Verstappen.
"A aposta era para que estivesses na primeira linha, amigo", disse Horner.
A pole foi a 12,ª da temporada de Verstappen, igualando o recorde de 32 na carreira do campeão de 1992 Nigel Mansell - que é o sétimo na lista de todos os tempos.