A carreira de André Pereira foi afetada por várias lesões ao longo dos anos que o levaram a antecipar o fim do seu percurso como futebolista, que teve mais do que uma passagem pelo FC Porto.
O avançado fez parte da formação do clube azul e branco e acabou por regressar ao clube ao fim de sete anos para jogar na equipa B.
Depois de uma passagem pelo Vitória FC, por empréstimo, regressou aos dragões, estabelecendo-se na equipa principal durante uma temporada, na qual participou em 22 jogos e apontou três golos.
Além do FC Porto, André Pereira passou por clubes como o Vitória SC, o Zaragoza e o Rio Ave, onde acabaria a carreira depois de ter sofrido uma rotura do ligamento cruzado anterior do joelho esquerdo.
André Pereira inicia agora a carreira de treinador como adjunto de Manuel Prata Ferreira nos sub-17 do FC Porto, que lideram atualmente a Série 1, com 22 pontos, os mesmos do Vitória SC.