A 43 quilómetros da meta, o campeão do mundo neerlandês fez a diferença este domingo à tarde e depois pedalou sozinho até ao final em Oudenaarde.
"Estou a ganhar a Volta à Flandres com a camisola do Campeonato do Mundo e é um sonho tornado realidade. Só preciso de me mentalizar", disse van der Poel.
O neerlandês considera a corrida "uma das mais difíceis da minha vida".
"Estava exausto a dez quilómetros do fim, fechei os olhos e concentrei-me em terminar o mais depressa possível", acrescentou van der Poel, considerando que já teve uma época de sucesso.
A vitória é a segunda da época para o ciclista da Alpecin, que venceu a E3 Saxo Classic, enquanto a Gent-Wevelgem da semana passada foi ganha pelo dinamarquês Mads Pedersen (Trek).
O dinamarquês, que esteve envolvido numa queda na corrida Dwars door Vlaanderen na quarta-feira, atacou várias vezes de longe.
Na final decisiva, Mads Pedersen perdeu o fôlego e terminou em 22.º lugar.
"Nas subidas, não consegui atingir os 5-700 watts de que necessito quando subimos. Esperava que pudéssemos fugir e ganhar um pouco mais de tempo. Consegui rodar de forma mais estável, mas nas subidas não consegui", disse Mads Pedersen à TV 2 Sport.
No entanto, o dinamarquês não está preocupado com a possibilidade de o acidente de quarta-feira afetar também o próximo fim de semana, onde o outro monumento do ciclismo, Paris-Roubaix, espera-o.
"Não estou nervoso com Roubaix em nenhum momento. Tenho uma semana para recuperar e vou ficar bem. Foi um dia bom e sensato, se tivermos em conta Roubaix", explicou o dinamarquês.