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A derradeira e surpreendente derrota frente ao número 83 do mundo põe praticamente fim às esperanças do sérvio, de 39 anos, de se qualificar para as ATP Finals no final deste mês.
A falar na zona mista após a derrota, Djokovic disse aos jornalistas que o seu plano para as próximas semanas era "apenas descansar".
"Estou ansioso por isso", acrescentou o jogador de 39 anos.
Depois de vencer o primeiro set com facilidade, Djokovic rapidamente se viu numa batalha contra o qualifier australiano.
Hijikata quebrou o serviço de Djokovic no oitavo jogo do segundo set, antes de fechar a partida no seu serviço e forçar a decisão no terceiro set.
O terceiro set arrastou-se até o sérvio ceder quando servia com 3-3 no marcador, dando ao seu opositor a oportunidade de chegar à vitória, a qual aproveitou ao conseguir um segundo break para selar o encontro em grande estilo.
Djokovic, sete vezes campeão em Paris, afirmou ter sentido "obviamente desilusão por perder um jogo que sentia estar a dominar durante o primeiro set".
No entanto, desfez-se em elogios a Hijikata pela forma como este reagiu.
"Ele esteve sempre focado; eu não estava a servir tão bem e ele jogou de forma simplesmente incrível, sinceramente. Não falhava, mantinha a bola baixa e fez uma exibição formidável", disse Djokovic.