Selby mal pareceu incomodado quando chegou a uma vantagem de 4-0 no Alexandra Palace esta quarta-feira à noite, antes de falhar um pote regulamentar no quinto quadro para permitir que Milkins voltasse à mesa.
Milkins recuperou um pote, mas isso foi o melhor que conseguiu, pois perdeu os dois quadros seguintes e confirmou a sua saída do torneio.
A vitória de Selby significa que vai enfrentar Allen nos quartos de final, depois de o irlandês do norte ter vencido John Higgins por 6-5 na tarde de quarta-feira, num jogo emocionante que foi para uma decisão no último quadro.
"Senti-me bem antes do início do jogo. Nos últimos dias sinto que tenho batido bem", disse Selby à BBC.
"É bom colocar esse desempenho - o que tenho jogado na mesa de treino - aqui na mesa de jogo", acrescentou.
Selby ganhou o último dos seus três títulos de Masters em 2013, lutando para igualar essa forma na década que se seguiu.
"É um local fantástico para jogar", disse sobre o Alexandra Palace.
"Infelizmente para mim, não tenho conseguido manter-me no torneio durante muito tempo nos últimos anos, mas hoje joguei bem", assumiu.
"O público tem sido fantástico durante toda a semana, não apenas para este jogo, mas para todos os jogos. Mal posso esperar para começar o próximo jogo. O Mark é obviamente um jogador de classe, fez um break fantástico na decisão contra o John. Não vai ficar mais fácil, de certeza", acrescentou.
Nos outros quartos de final, Ronnie O'Sullivan defronta Barry Hawkins na quinta-feira à tarde, seguido de Shaun Murphy contra Jack Lisowski. O jogo de Selby contra Allen tem lugar na sexta-feira à noite, após o jogo entre Judd Trump e Ali Carter.